En 1914 fue nombrado comandante en Jefe del Ejército Francés. Cuando estalló la Primera Guerra Mundial, el plan francés de defensa, basado en la estrategia ideada por Ferdinand Foch conocida como Plan XVII, cayó estrepitosamente con el Plan Schlieffen de Alemania.
Joffre auxilió a revertir la situación mediante retiradas y contra-ataques en la Batalla del Marne, que marcó el quiebra del plan Schlieffen y el comienzo de la guerra de posiciones.
En la primavera de 1918 tuvo lugar la segunda Batalla de Marne que consistió en un intento de ruptura del frente por parte alemana, la llegada de refuerzos franceses detuvo la ofensiva.
Sobre Joffre, Wiston Churchill dijo:
"La única vez en su vida que Joseph Joffre, mariscal fracés, presentó batalla fue cuando le pidieron que dimitiera de su cargo".